Στις προτάσεις του Υπουργείου Παιδείας για την ένταξη των Εργαστηριακών Κέντρων Φυσικών Επιστημών (ΕΚΦΕ) στο σχέδιο για τις «Δομές Υποστήριξης Εκπαιδευτικού Έργου» αναφέρεται ότι «Τα Εργαστηριακά Κέντρα Φυσικών Επιστημών (ΕΚΦΕ) ενσωματώνονται στα Εργαστηριακά Κέντρα (ΕΚ) και λειτουργούν στα πλησιέστερα ΕΚ ή σε αυτά που ενδείκνυνται λόγω κτιριακών υποδομών υποστηρίζοντας το σύνολο των σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, με σκοπό την προαγωγή της εργαστηριακής και πειραματικής διδασκαλίας, την αξιοποίηση των σχολικών εργαστηρίων και τη χρήση των νέων τεχνολογιών στη διδασκαλία των φυσικών επιστημών».

Όμως, τα ΕΚΦΕ είναι ειδικές δομές που έχουν ως κύριο έργο, μεταξύ άλλων: α) την επιμόρφωση και εργαστηριακή εξάσκηση των εκπαιδευτικών ώστε οι τελευταίοι να είναι ικανοί να ενσωματώσουν την εργαστηριακή άσκηση στη διδασκαλία τους και β) την υποστήριξη των εργαστηρίων των σχολείων. Οι υπεύθυνοι των ΕΚΦΕ είναι εκπαιδευτικοί αυξημένων προσόντων, που έχουν επιλεγεί από τα υπηρεσιακά συμβούλια των Διευθύνσεων Β/θμιας Εκπ/σης μετά από συγκεκριμένη διαδικασία, στην οποία λαμβάνονται υπ’ όψη τα τυπικά προσόντα και η εργαστηριακή και διδακτική εμπειρία των υποψηφίων.

Αντίθετα, τα ΕΚ είναι σχολικές μονάδες στις οποίες κάνουν το εργαστηριακό μέρος των μαθημάτων τους οι μαθητές των ΕΠΑΛ.

Με τη υπαγωγή τους στα ΕΚ τα ΕΚΦΕ υποβαθμίζονται ή και ακυρώνονται, αφού δεν υπάρχει πρόβλεψη για υπεύθυνο ΕΚΦΕ αυξημένων προσόντων και θα λειτουργούν με διαφορετική λογική και στόχους όσον αφορά στην εργαστηριακή άσκηση, ούτε όμως είναι κατανοητό πώς και γιατί θα επωφεληθούν τα σχολικά εργαστήρια από την ενσωμάτωση των ΕΚΦΕ στα ΕΚ.